签订三年合同后辞职支付违约金的处理，可能受以下特殊情况或例外情形影响而改变结果：
1. **用人单位违约**：若合同履行期间，用人单位未按约定提供劳动条件或未及时足额支付报酬，员工依据《劳动合同法》第三十八条解除合同的，不属于违约，即使合同约定服务期违约金，员工也无需支付，用人单位无权主张。
2. **专项培训费用未实际支出或无凭证**：若仅约定服务期但未实际支付专项培训费用，或无法提供有效凭证证明费用金额和构成，即使员工提前辞职，用人单位要求支付违约金的请求也难以支持（违约金以实际培训费用为基础）。
3. **竞业限制经济补偿未支付**：若合同约定竞业限制条款，员工辞职后用人单位未在竞业限制期限内按月支付经济补偿的，员工无需支付竞业限制违约金，用人单位也无权以此为由追责。
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签订三年合同后辞职违约金的计算，主要看合同是否有合法违约金约定，具体如下：
1. **无服务期/竞业限制约定**：员工提前辞职一般无需支付违约金。根据《劳动合同法》，除服务期和竞业限制外，用人单位不得与劳动者约定违约金。
2. **有专项培训服务期约定**：员工违反服务期约定辞职，违约金不得超过培训费用，且不得超过服务期未履行部分分摊的费用（例：3万元培训费用，3年服务期，工作1年后辞职，违约金最多2万元，即3万÷3×2）。
3. **有竞业限制约定且支付经济补偿**：员工违反竞业限制约定需支付违约金，但数额需合理，过高或过低时，当事人可请求法院或仲裁机构调整。
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关于三年合同辞职违约金问题，法律依据及适用结论如下：
《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条规定：“用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。”
若三年合同属于劳动合同，且无合法专项培训服务期或竞业限制条款，员工辞职无需支付违约金（《劳动合同法》明确禁止除这两种情形外的违约金约定）。若有专项培训服务期，违约金计算以实际培训费用为限，并按未履行服务期比例分摊（例：6万元培训费用，3年服务期，工作2年后辞职，违约金最多2万元，即6万÷3×1），超出部分约定无效。
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三年合同辞职时，违约金方面存在以下法律风险点，通过实例说明：
1. **违约金约定不合法**：若劳动合同中约定了除服务期和竞业限制外的提前辞职违约金（如“提前辞职支付年薪20%”），该约定因违反《劳动合同法》强制性规定而无效。部分员工因不了解法律可能错误支付，造成经济损失。
2. **服务期违约金超法定上限**：例：用人单位提供5万元专项培训，约定3年服务期，员工工作1年后辞职，若用人单位要求支付4万元违约金（法定上限应为5万÷3×2≈
3.33万元），员工若未提出异议并支付，将承担不合理费用。

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